Los archivos que subo por FTP no los visualizo via webserver


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Buenas de antemano gracias a todos los que me puedan ayudar, el problema que tengo el que normalmente yo subo los archivos por FTP al servidor como siempre, me acabo de dar cuenta que después de una larga actualización ya que tenia un versión de owncloud muy vieja, ahora no me indexa bien y los archivos que subo por FTP no los pruebo ver vía webserver, que puedo hacer?