Kannst du mal schauen, welche php-version du nutzt, eventuell sind da Reste von php5: sudo -u www-data php -v
Schau auch, ob die ganzen notwendigen Erweiterungen installiert sind (php7.0-mysql). Nutzt du den Paketmanager, um owncloud zu installieren. Hast du das auch auf http://download.owncloud.org/download/repositories/stable/Ubuntu_16.04/
umgestellt?