Hi,
das modifizieren von Dateien im datadir wird eigentlich seit anfang nicht unterstützt was auch (ein bisschen versteckt) als rote Warnung in der Dokumentation zu finden ist:
The data directory on the server is exclusive to ownCloud and must not be modified manually.
https://doc.owncloud.org/server/9.1/admin_manual/issues/general_troubleshooting.html#debugging-sync-issues
https://doc.owncloud.org/desktop/2.2/troubleshooting.html#isolating-other-issues
Daten direkt Verschieben sollte immer über die WebGUI oder über einen WebDAV client durchgeführt werden. Das gleiche gilt auch für das manuelle hinzufügen von Dateien in das data dir: