Hi,
das modifizieren von Dateien im datadir wird eigentlich seit anfang nicht unterstützt was auch (ein bisschen versteckt) als rote Warnung in der Dokumentation zu finden ist:
The data directory on the server is exclusive to ownCloud and must not be modified manually.
Daten direkt Verschieben sollte immer über die WebGUI oder über einen WebDAV client durchgeführt werden. Das gleiche gilt auch für das manuelle hinzufügen von Dateien in das data dir: