Höchst wahrscheinlich verwendet Strato nicht Apache + mod_php, was die momentan einzig offiziell unterstützte und getestete Webserver / PHP Kombination für ownCloud ist. Hier musst Du immer mit solchen (und auch vielen weiteren Problemen) rechnen, speziell bei einem neuen Major release.
Im vorliegenden Fall hilft da höchst wahrscheinlich folgendes Updater der .htaccess: